Radboudumc in wereldwijd consortium van leiders in klinisch genoom onderzoek HiFi Solves wil begrip van genetische ziekten vergroten en best practices delen

HiFi Solves, een wereldwijd consortium van leiders in klinisch genoom onderzoek waartoe ook het Radboudumc behoort, werd tijdens de Annual Meeting van de American Society of Human Genetics (ASHG) in Washington DC gepresenteerd door PacBio. Het Radboudumc leidt al een bestaand deelconsortium genaamd HiFi Solves EMEA.

Het wereldwijde consortium HiFi Solves brengt onderzoekers van 15 vooraanstaande genomics-onderzoeksinstellingen uit 11 landen samen. Het consortium wil de waarde vaststellen van HiFi-gebaseerde sequencing van het menselijk genoom voor klinische onderzoek en het begrip van genetische ziekten vergroten. De 15 instellingen gaan best practices ontwikkelen en gegevens delen die zijn gegenereerd met PacBio Revio sequencingsystemen. Op die manier willen ze zoveel mogelijk informatie halen uit het met HiFi sequencing in kaart gebrachte genoom voor genetische onderzoekstoepassingen.

Oorzaken van zeldzame genetische ziekten onderzoeken

"De lancering van Revio stelt onderzoekers in staat om HiFi long-read sequencing op te schalen tot een ongekend niveau", zegt Christian Henry, President en Chief Executive Officer van PacBio. "Met dit consortium willen we de wereldwijde toepassing van HiFi-sequencing van het menselijk genoom versnellen door het delen van best practices, en de zoektocht naar een diagnose van ziekten in families kunnen bekorten en afsluiten. "

"Door onze bestaande samenwerking met PacBio en het gebruik van HiFi-sequencing op het gebied van zeldzame ziekten hebben we veel vooruitgang geboekt in het onderzoek van onderliggende oorzaken van zeldzame genetische ziekten, die moeilijk zijn te identificeren met andere genomische methoden", zegt Wendy Van Zelst-Stams, hoogleraar Zorg voor Zeldzame Ziekten en hoofd van de afdeling Humane Genetica aan het Radboudumc. "We kijken uit naar de samenwerking met onze collega’s wereldwijde om best practices te delen voor onderzoek naar zeldzame ziekten met deze technologie, vanwege de potentie om antwoorden te leveren op de vraag van gezinnen naar een diagnose."

Twee eenvoudige vragen

PacBio HiFi long-read sequencing (zie puzzelen met DNA) kan een enkele eerstelijns test gaan worden voor onderzoekers die groepen van zeldzame ziekten onderzoeken, omdat het genetische variaties nauwkeurig in kaart kan brengen, in tegenstelling tot andere technologieën die meerdere testen vereisen. Het consortium gaat de effectiviteit van HiFi-sequencing bestuderen bij het onderzoeken van de vele mogelijke genetische mechanismen die ten grondslag liggen aan zeldzame ziekten. Het consortium zal recente resultaten delen, vooral met betrekking tot het verkennen van mogelijk klinisch relevante genen die in complexe regio's van het menselijk genoom liggen.

Geïnterviewd door Huanjia Zhang voor GenomeWeb zegt Alexander Hoischen van het Radboudumc: "De essentie van [onze inspanning] zijn twee heel eenvoudige vragen. De ene is: 'Kunnen HiFi-genomen oude tests vervangen?' ... En wetenschappelijk misschien meer intrigerend: 'Hoeveel extra potentiële diagnoses kunnen we stellen door het gebruik van HiFi-genomen in niet gediagnosticeerde gevallen?'".

Potentiële voordelen van long-read HiFi-sequencing

Verder schrijft Zhang in GenomeWeb: ‘Hoischen zei dat de medewerkers HiFi-sequencing zullen gebruiken om ongeveer 100 ‘lastige’ mutaties opnieuw te analyseren die eerder waren geïdentificeerd met standaardmethoden in gebieden met een hoge sequentiehomologie, zoals pseudogenen of segmentale duplicaties.

Het doel van deze analyse, die alle varianttypes zal omvatten - single nucleotide varianten (SNV), copy number variaties (CNV), structurele variaties (SV) en genconversies - is om de potentiële voordelen van longread HiFi-sequencing aan te tonen voor het identificeren van mutaties die voorheen moeilijk te detecteren waren met traditionele technologieën, waaronder shortread sequencing.

Wat betreft het aantonen van het nut van de technologie voor het oplossen van niet-gediagnosticeerde ziekten, is de groep van plan om whole-genome sequencing uit te voeren op ongeveer 300 monsters van zeldzame ziekten op het Revio-platform, zei hij.

"De echte ambitie hier zou zijn om dit de eerste test te maken en bijna alle andere testen voor kiembaanonderzoek te stoppen," vertelde Hoischen aan GenomeWeb in de wandelgangen van de conferentie.

Het Radboudumc heeft al een in-house amplicon-sequencing-gebaseerde klinische test ontwikkeld en gevalideerd op het PacBio Sequel II-platform, zei hij, en gebruikt die nu "al heel wat jaren" om duizenden klinische monsters per jaar te analyseren.

"Het eerste half jaar van het gebruik van de Revio sequencer was zo veelbelovend, dat de afdeling Humane Genetica van het Radboudumc heeft besloten om dit jaar een 2e systeem aan te schaffen om aan de vraag naar HiFi-genomen te voldoen", aldus Lisenka Vissers, hoogleraar Translationele Genomics en co-leider van deze activiteiten in het Radboudumc.

­­­­­-

Lees hier meer over de samenwerking tussen Radboudumc en PacBio

Instellingen die deelnemen aan HiFi Solves:

• Bioscientia Institute for Medical Diagnostics (GmbH) (Germany)
• Broad Institute of MIT and Harvard (U.S.A.)
• Children’s Hospital of Eastern Ontario (Canada)
• Children’s Mercy Kansas City (U.S.A)
• Chulalongkorn University (Thailand)
• Hospital for Sick Children (SickKids) – (Canada)
• i-Lac (Japan)
• Karolinska University Hospital and Karolinska Institutet (Sweden)
• KK Women’s and Children’s Hospital (Singapore)
• University Clinic Schleswig-Holstein (Germany)
• Medizinische Universität Innsbruck (Austria)
• National Center for Child Health and Development (Japan)
• Radboudumc (Netherlands)
• SciLifeLab (Sweden)
• University of Leuven (Belgium)

• Meer weten over deze onderwerpen? Klik dan via onderstaande buttons door naar meer nieuws.

  Nieuws homepage Patientenzorg en Nieuws en verhalen